از نظر گیاه شناسی گوجه فرنگی تهران یک میوه است. با این وجود، محتوای قند آن در مقایسه با سایر میوه ها بسیار کمتر است. این گیاه دیپلوئیدی با 2n = 24 کروموزوم است.
گوجه فرنگی متعلق به خانواده Solanaceae است که شامل بیش از 3000 گونه از جمله گیاهان با اهمیت اقتصادی مانند سیب زمینی، بادمجان، تنباکو، گل اطلسی و فلفل است.
در سال 1753، لینه گوجه فرنگی را در جنس Solanum (همراه با سیب زمینی) با نام خاص S قرار داد. در سال 1754، فیلیپ میلر آن را به جنس خود منتقل کرد و آن را Lycopersicum esculentum نامید.
با این وجود، تعیین گوجه فرنگی برای مدت طولانی موضوع مورد توجه و بحث بسیاری از دانشمندان بود. استفاده از داده‌های مولکولی (نقشه‌برداری ژنوم) و اطلاعات مورفولوژیکی امکان تأیید طبقه‌بندی Solanaceae را فراهم می‌آورد که جنس Lycopersicon مجدداً در جنس Solanum در بخش Lycopersicon معرفی شد.
بنابراین، پس از تقریباً دو قرن، توصیف لینه تأیید شد. به دلیل استفاده از استنادهای متعدد از منابع اخیر و به منظور سازگاری با بسیاری از ادبیات، طبقه بندی Linnaeus در این بررسی دنبال می شود.
چندین گزارش نشان می دهد که پرو مرکز تنوع اقوام وحشی گوجه فرنگی است. به نظر می رسد که S. lycopersicum cerasiforme به عنوان جد گوجه فرنگی کشت شده به دلیل وجود فراوان آن در آمریکای مرکزی موجه باشد.
تنها 6/0 درصد واگرایی نوکلئوتیدی را نشان دادند. اهلی شدن باعث ایجاد طیفی از صفات (مورفولوژیکی و فیزیولوژیکی) شده است که محصولات اهلی شده را از اجداد وحشی خود متمایز می کند. مطالعات بر روی فرآیند اهلی‌سازی، نه تنها گوجه‌فرنگی، بلکه در مورد ذرت و برنج نیز نشان داد که واگرایی سریع فنوتیپی اغلب از نظر ژنتیکی توسط تعداد نسبتاً کمی از جایگاه‌ها کنترل می‌شود.
